O-1
REG. 4591898
Pesquisador de Pós-Doutorado (Biologia Computacional) – Laboratório Srivastava
The Wistar Institute
- Local: Philadelphia, PA
- Área: Ciências & Pesquisa
- Visto provável: O-1
- Vaga vista pela última vez em 22/07/2026
Vaga de pós-doutorado em biologia computacional no The Wistar Institute, em Philadelphia, PA.
Cadastro grátis — o contato e o link oficial da vaga ficam no portal.
Descrição da vaga
Tradução automática do anúncio original do empregador.
O The Wistar Institute tem uma vaga para Pós-Doutorado em Biologia Computacional para integrar o laboratório do Dr. Avi Srivastava. O Srivastava Lab é um grupo híbrido computacional-experimental que desenvolve e aplica tecnologias de genômica de célula única de ponta para abordar questões fundamentais na biologia de RNA e câncer. Nosso trabalho abrange todo o arco, desde o desenvolvimento de novos métodos, incluindo plataformas de sequenciamento de RNA de leitura longa de célula única sem microfluídica, até a descoberta biológica usando abordagens multi-ômicas com resolução de célula única.
Estamos buscando um desenvolvedor de métodos computacionais, alguém que crie ferramentas, não apenas execute pipelines. Nesta função, você desenvolverá os algoritmos e softwares por trás de nossa plataforma de leitura longa de célula única, incluindo métodos de quantificação em nível de isoforma e integração multi-ômica para dados de célula única relevantes para doenças. Você deve ser capaz de apontar um software, um método ou um algoritmo que você construiu e que outras pessoas utilizam. Familiaridade com preparação de bibliotecas de sequenciamento e a biologia molecular da plataforma é um diferencial importante, e você co-projetará a plataforma junto com nossa equipe de laboratório úmido, mas o núcleo desta função é o desenvolvimento de métodos computacionais e software. Um cientista de laboratório úmido que busca transição principalmente para o trabalho computacional não é o perfil para esta posição.
Qualificações exigidas:
• Ph.D. (ou equivalente) em biologia computacional, genômica, ciência da computação, bioinformática ou uma área quantitativa relacionada.
• Capacidade demonstrada de construir e lançar métodos computacionais: uma ferramenta, pacote, pipeline ou algoritmo que outros adotaram, com código-fonte que você possa mostrar.
• Fortes habilidades de programação e engenharia de software em Python e/ou R em um ambiente Linux/linha de comando.
• Experiência com dados de sequenciamento de célula única e/ou leitura longa (Oxford Nanopore, PacBio) e seus fluxos de trabalho computacionais.
• Pelo menos uma publicação revisada por pares como primeiro autor.
Preferencial:
• Familiaridade prática com biologia molecular e preparação de bibliotecas de sequenciamento, suficiente para co-projetar métodos voltados para o laboratório úmido.
• Experiência com transcriptômica em nível de isoforma, splicing alternativo ou quantificação de transcritos.
• Prática de software de alto desempenho e reprodutível (contêineres, controle de versão, gerenciadores de fluxo de trabalho).
O laboratório oferece treinamento orientado em análise multi-ômica de célula única e em massa, tecnologias de sequenciamento de leitura longa, desenvolvimento de novas plataformas de célula única sem microfluídica e aplicações de métodos de célula única em câncer e biologia de RNA.
Além de se inscrever online, os candidatos interessados devem enviar por e-mail seu CV com lista de publicações (publicadas e em preparação), uma carta de apresentação detalhando sua experiência de pesquisa e interesse no laboratório, e três referências para o Dr. Avi Srivastava em [contato no portal]
Para mais detalhes sobre a pesquisa e uma lista de publicações, visite: [link no portal]
The Wistar Institute fica na área de University City, na Filadélfia, no coração do campus da University of Pennsylvania. O Wistar fornece recursos aos seus docentes e funcionários que lhes permitem conduzir pesquisas colaborativas de ponta e trabalhar em ambientes intelectuais excepcionais e instalações de última geração.
Oferecemos um salário competitivo e um excelente pacote de benefícios.
Para mais informações sobre o The Wistar Institute, visite [link no portal]
Ver o texto original em inglês
The Wistar Institute has an opening for a Computational Biology Post-Doctoral Fellow to join the laboratory of Dr. Avi Srivastava. The Srivastava Lab is a hybrid computational-experimental group that develops and applies cutting-edge single-cell genomics technologies to address fundamental questions in RNA biology and cancer. Our work spans the full arc from novel method development, including microfluidics-free single-cell long-read RNA sequencing platforms, to biological discovery using multi-omics approaches at single-cell resolution.
We are seeking a computational methods developer, someone who builds tools, not only runs pipelines. In this role, you will develop the algorithms and software behind our single-cell long-read platform, including isoform-level quantification methods and multi-omics integration for disease-relevant single-cell data. You should be able to point to software, a method, or an algorithm you built that other people use. Familiarity with sequencing library prep and the molecular biology of the platform is a strong plus, and you will co-design the platform alongside our wet-lab team, but the core of this role is computational methods and software development. A wet-lab scientist looking to transition primarily into computational work is not the target for this position.
Required qualifications:
Ph.D. (or equivalent) in computational biology, genomics, computer science, bioinformatics, or a related quantitative field.
Demonstrated ability to build and release computational methods: a tool, package, pipeline, or algorithm that others have adopted, with source code you can show.
Strong programming and software-engineering skills in Python and/or R in a Linux/command-line environment.
Experience with single-cell and/or long-read sequencing data (Oxford Nanopore, PacBio) and their computational workflows.
At least one first-author peer-reviewed publication.
Preferred:
Hands-on familiarity with molecular biology and sequencing library preparation, enough to co-design wet-lab-facing methods.
Experience with isoform-level transcriptomics, alternative splicing, or transcript quantification.
High-performance and reproducible software practice (containers, version control, workflow managers).
The lab offers mentored training in single-cell and bulk multi-omics analysis, long-read sequencing technologies, novel microfluidics-free single-cell platform development, and cancer and RNA biology applications of single-cell methods.
In addition to applying online, interested applicants should e-mail their CV with publication list (published and in preparation), a cover letter detailing their research experience and interest in the lab, and three references to Dr. Avi Srivastava at [contato no portal]
For more details on research and a list of publications, visit: [link no portal]
The Wistar Institute is in the University City area of Philadelphia, in the heart of the University of Pennsylvania campus. Wistar provides resources to its faculty and staff that enable them to conduct cutting-edge, collaborative research and to work in outstanding intellectual environments and state-of-the-art facilities.
We offer a competitive salary and an excellent benefits package.
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